Такое случается после выдачи некорректной команды ldconfig. Для восстановления работоспособности нужно выполнить команду ldconfig -R /usr/X11R6/lib ну и почитать страницы Справочника. В файле /etc/rc.conf есть переменная ldconfig_paths, содержащая полный набор каталогов, в которых находятся динамические библиотеки. Добавьте туда свой каталог, чтобы не запускать каждый раз ldconfig.