5.5. На диске образовался файл гигантского размера, хотя fsck никакой диагностики не выдает.

Образование таких файлов - вполне нормальное явление в BSD, такие файлы являются "дырявыми" и занимают реально, как правило, несколько блоков файловой системы. Посмотрите, что выдаст команда du файл

Избавиться можно, стерев файл (либо поредактировав его, уничтожить пустое место).

Такой файл может создать программа quotacheck на большом (4Гб) разделе. Избавиться от этого можно, отключив квотирование дискового пространства.