Убедитесь, что кодировка, приходящая от клиентов, совпадает с той, на которую настроен webglimpse и она совпадает с кодировкой документов. Это может делать, например, русский Apache.
Поставьте glimpse версии минимум 4.1, собранный с поддержкой locale (посмотрите в Makefile значение для ISO_CHAR_SET, которое должно быть равным 1). Если вы храните документы в кодировке CP1251, то у вас должна иметься соответствующая настройка для locale.
На www.tu-chel.ac.ru работает именно webglimpse.